县级国库集中支付运行过程中，凸现出来的问题

(一)收支确认的基础改变
预算单位收到的财政资金，一方面表现为收入的增加，另一方面表现为费用的增加或非货币性资产的增加。那么，收支应该如何确认？和现行行政事业单位会计制度相比，出现了很大的不同。给预算单位财会人员带来诸多困惑，有的会计人员只要申请计划就做了收入，而不是实际支付时才做收入，到年终算账时也容易出现口径上的理解不一致。
(二)预算编制与执行衔接不到位，导致有的预算单位难以依法理财
实行国库集中支付后，预算单位必须依据批复的年度财政预算编制本单位的分月用款计划，在下达的用款计划额度内按照预算项目进行支出。但每年在县级人大通过年度预算之前，单位出现无预算指标可用，预算编制与执行衔接不到位，导致有的预算单位延迟专项的支付，或用其他项目资金垫付，造成预算项目的混用和窜用，违背了“依法理财”的国库集中支付初衷。
(三)县级直接支付拨款书在票据管理上缺乏现实法律依据
《票据法》规定，票据法规范的票据是主要指汇票、本票和支票。财政拨款书既非支票、也不属于本票、汇票，在出现票据风险时难以做到“有法可依”。并且在实际工作中，县级财政用直接支付拨款书还必须去上级财政部门领取，造成一些工作上的不便，难免出现管理疏松，不严格执行编号连续、废票登记交回制度等情况。
(四)财政直接支付存在的资金风险
财政直接支付取消了资金拨付的中间环节，方便快捷。由于对现金支付的严格限制，在直接支付时可能存在着借用账号、借用发票等行为；收款人、收款账户是否真实，业务是否实际发生难以核实，导致可能存在预算单位虚假套取财政资金的风险。
(五)资金清算速度较慢
从清算流程看，从预算单位到预算部门申请用款，到国库管理部门批准计划，再到国库支付中心进行支付。这三个环节需要一定时间，支付中心和代理银行实行清算，又需要一定的时间。一旦因收款人账号有误等原因造成拨款退回，则资金在途时间更长，有时甚至长达十余天，极大地影响了国库集中支付作用的发挥。
(六)财政内部管理风险
县级财政作为县级国库集中支付制度的执行机构，具有绝对控制资金流向的权利。用款计划的申请、审核、批准、支付都通过网络进行，工作中难免有疏忽遗漏现象，特别是在月末、年终出现资金大量支付时，更增加了资金安全支付的风险。所以建立健全的监督制约机制是非常必要的，但是现行的县级财政监督制约机制具有滞后性，还远远达不到要求。